南京分子动力学模拟——清析客户检测案例

类别：客户案例 484 2023-05-06

2023年3月15日，检测顾问接到来自南京某大学的客户咨询，工程师第一时间与客户取得联系并了解客户的计算需求，具体沟通情况如下；

客户背景

客户是来自南京某大学的学生，计算需求为：选取中药和肺癌药对，选取10个潜在核心活性成分，关键靶点是7个。分子对接可视化的是几个成分和PD-L1的分子对接模式图。

样品名称

木犀草素-AKT1，异鼠李素-PD-L1。

解决方案

分子动力学模拟

MD模拟采用Gromacs 2018.4程序，在恒温恒压以及周期性边界条件下进行。应用Amber14SB全原子力场，TIP3P水模型。在MD模拟过程中，所有涉及氢原子的键采用LINCS算法进行约束，积分步长为2 fs。静电相互作用采用（Particle-mesh Ewald）PME方法计算。非键相互作用截断值设为10 ?，每10步更新一次。采用V-rescale [6]温度耦合方法控制模拟温度为298.15 K，采用Parrinello-Rahman方法控制压力为1 bar。首先，采用最陡下降法对两个体系进行能量最小化，以消除原子间过近的接触；然后，在298.15 K条件下分别进行1 ns的NVT和NPT平衡模拟；最后，对体系进行100 ns的MD模拟，每10 ps保存一次构象，模拟结果可视化采用Gromacs内嵌程序和VMD完成。

客户反馈

客户对于计算结果非常满意，对工程师的专业度也很认可。

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