利用全原子动力学方法研究蛋白、细胞膜作用——清析客户检测案例

类别：客户案例 369 2024-08-09

2024年05月14日，业务中心接到国内某研究院的计算需求。接到反馈后，第一时间与客户进行详细沟通，具体情况如下：

客户背景

客户是某研究院的老师，希望通过模拟计算软件，分析以下问题：

1.白介素2（IL-2）与3个受体IL-2α，β，γ的结合能量、距离、氨基酸结合位点；在连接脂质体之后，脂质体白介素2与3个受体IL-2α，β，γ的结合的模型构建

2.白介素2和脂质体结合前后，白介素2和白介素2受体结合的自由能定性，期望与我们的实验结果一致；

3.白介素2和脂质体结合前后，白介素2和白介素2受体结合的氨基酸位点发生的变化，与结合部位氨基酸的距离；

4.与结合部位氨基酸的配对相互作用的自由能改变.

客户需求

计算白介素2/脂质体白介素2和αβγ三个受体结合的位点/作用力...等一些参数的时候，是脂质体向白介素2白介素受体复合物靠近至脂质体和受体接触，还是脂质体白介素2复合物向白介素2受体靠近至脂质体和受体接触.

解决方案

根据客户提供的信息，我们构建模型，然后进行结构优化，确定稳定的结构构型。利用大分子对接软件，将蛋白质与框架材料进行分子对接，获取两者之间最低能量点对接位相，作为两者动力学优化前提结构；长时间分子动力学：对蛋白-纳米框架材料，进行>100ns的分子动力学模拟，直至体系平衡，取平衡后复合物体系平均结构.

客户反馈

客户对结果非常满意。

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